การตรวจสอบมาตรฐานภายในประเทศมี พระราชบัญญัติมาตรฐานสินค้าเกษตร พ.ศ. ๒๕๕๑ และที่แก้ไขเพิ่มเติม กำหนดไว้ว่า ผู้ประกอบการตรวจสอบมาตรฐานสินค้าเกษตร (มกษ.) ต้องได้รับใบอนุญาตให้ตรวจสอบและรับรองมาตรฐาน ดังนั้น หน่วยรับรอง (CB) และหน่วยตรวจ (IB) ที่ได้รับการรับรองระบบบงานตามมาตรฐานสากล (ISO) แล้วจากสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ (มกอช.) ในฐานะหน่วยรับรองระบบงาน (AB) สามารถมาขึ้นทะเบียนเป็นผู้ประกอบการตรวจสอบมาตรฐานได้ โดย มกอช. จะมีการเผยแพร่รายชื่อผู้ได้รับใบอนุญาตให้สาธารณะชนทราบทางเว็บไซต์
สถาบันรับรองระบบการผลิตผลิตภัณฑ์การเกษตร ได้รับการรับรองความสามารถในขอบข่ายการปฏิบัติทางการเกษตรที่ดี (GAP) ด้านข้าวและพืชอาหาร ในฐานะหน่วยตรวจ (Inspection Body: IB) ตามมาตรฐาน ISO/IEC 17020:2012 จึงได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นผู้ประกอบการตรวจสอบมาตรฐาน จาก มกอช. เมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม 2559